本院是以海洋商務為教育目標，發展成為具有「藍色產業管理」的教學與研究單位。「藍色產業」的定義如下：
●藍色：以海洋相關的產業為對象，發展航運、流通、資訊、休閒與海洋政策等相的管理技術與能力，以達到善用海洋資源，提高海洋產業的經營績效目標。
●產業：包括航運業、國際物流業、水產品流通業與海洋休閒相關的產業等。

依據上述的教育目標，本院下設四個系與一個研究所：「航運管理系所」、「商務資訊應用系」、「供應鏈管理系所」、「海洋休閒管理系」與「海洋事務與產業管理研究所」。另外，本院尚設有五個大學部的專業學程：「電子商務」、「海洋事務」、「水域運動」、「海事資訊」與「航運物流」等，以培養學生之第二專長。

1. 航運管理系：以海運管理、空運管理以及國際物流管理三者為教學與研究重點，培養學生從事航運物流相關產業的能力，如海運公司、港務公司、櫃場、航空貨 運、船務代理、貨物承攬業、報關業與國際物流中心等。

2. 商務資訊應用系：以程式設計、系統分析、網路管理、伺服器管理及資料庫管理系統等資訊專業能力為教學與研究的重點，並特別聚焦在海事、航運、流通與海洋休閒等相關產業的資訊管理。

3. 供應鏈管理系：以流通及物流為教學與研究的重點，培育學生從供應、製造到配銷之跨領域的運籌管理能力，並特別聚焦在低溫物流體系的水產品通路管理，包括漁撈、養殖、加工、運銷到快速服務消費者等。

4. 海洋休閒管理系：以休閒管理、海洋休閒資源及海洋運動三者為教學與研究的重點，培養學生從事海洋休閒相關產業的能力，如運動俱樂部、遊艇事業、旅館管理、旅遊業、遊憩中心、海洋運動、運動健康諮詢等。